המיחזור של חומרים מתכלים לחדר נקי פועל בדרך כלל בשני מסלולים: פירוק ושימוש חוזר בציוד ופאנלים בעלי ערך- גבוה, ועיבוד מחדש (ניקוי) של חומרים מתכלים בעלי ערך נמוך- כגון כפפות ומגבונים לחדר נקי. נוהלים אלה שואפים להפחית עלויות ארגוניות ולהבטיח עמידה בתקני הסביבה ISO14001.
תדירות האיסוף של פסולת מוצקה תלויה בפעילות הייצור של החדר הנקי. בדרך כלל, פסולת נאספת לפחות פעם ביום; עם זאת, אם הייצור הוא אינטנסיבי ומייצר נפח גדול של פסולת מוצקה, ייתכן שיהיה צורך להגביר את תדירות האיסוף-כגון לפעמיים ביום-כדי למנוע מהפחים לעלות על גדותיו ולשבש את הפעילות הרגילה.
עיבוד מחדש של חומרים מתכלים קטנים:-פריטים שאינם מתכלים-כגון כפפות לחדר נקי, מיכלי פלסטיק ומגבונים לחדר נקי-יכולים לשחזר את תכונות ה-ESD ואת הניקיון שלהם באמצעות עיבוד מחדש מקצועי. איכות הפריטים המעובדים מתקרבת לזו של מוצרים חדשים, ומציעה חיסכון משמעותי בעלויות הרכש והפחתת זיהום הסביבה.
מערכת איסוף הפסולת הגזים פועלת באופן רציף, ומנטרת את ריכוזי הגזים בתוך החדר הנקי בזמן אמת.
אם ריכוזי גזים מסוכנים עולים על תקני הבטיחות, המערכת מתחילה אוטומטית הליכי איסוף,
להבטיח שפסולת גזי מטופלת באופן מיידי ושאיכות האוויר הפנימית תישאר בגבולות הנדרשים.
תדירות האיסוף של פסולת מוצקה תלויה בפעילות הייצור של החדר הנקי. בדרך כלל, פסולת נאספת לפחות פעם ביום; עם זאת, אם הייצור הוא אינטנסיבי ומייצר נפח גדול של פסולת מוצקה, ייתכן שיהיה צורך להגביר את תדירות האיסוף-כגון לפעמיים ביום-כדי למנוע מהפחים לעלות על גדותיו ולשבש את הפעילות הרגילה.

