תחזוקה שוטפת של חומרים מתכלים לחדר נקי חיונית להבטחת סביבה נקייה יציבה, הארכת חיי השירות של החומרים ומניעת זיהום משני; יש לקבוע נוהלי תחזוקה סטנדרטיים עבור סוגים שונים של חומרים מתכלים.
דרישות אחסון: חומרים מתכלים חייבים להישאר אטומים באריזתם המקורית בכל עת; אסורה חשיפה ישירה לסביבות רגילות ולא-נקיות כדי למנוע זיהום מוקדם על ידי חלקיקים ומיקרואורגניזמים.
הליכי שימוש: בעת שימוש בחומרי ניגוב, פעל לפי עקרון הניגוב החד-כיווני; אין לקפל מחדש משטחים משומשים ומזוהמים, מכיוון שהדבר עלול לגרום להתפשטות של מזהמים.
בדיקות תקופתיות: לפני כל שימוש, בדוק את הקצוות והמשטחים של החומרים המתכלים לאיתור סימני בלאי או נשירה; להשליך ולהחליף אותם מיד אם נמצאו חריגות כלשהן.

